Если строго следовать ФИАС, то Москва, Санкт-Петербург и Севастополь — это регионы, а не города. «Фактор» работает именно так: поле region для городов-регионов заполнено, а поле city — пустое.

«Подсказки» же часто используются в интернет-магазинах совместно с модулями расчета стоимости доставки. Эти модули тонкостей ФИАСа не понимают, и хотят, чтобы у адреса всегда был город. Поэтому подсказки возвращают Москву, Санкт-Петербург и Севастополь как в region, так и в city.