В плагине всё как обычно, только в поле type указывается название справочника:

$("#manager").suggestions({
  type: "employees",
  ...
});

Если конфигурация справочника допускает, можно использовать фильтрацию:

$("#manager").suggestions({
  type: "employees",
  params: {
    filters: [
      { "department": "Отдел закупок"}
    ]
  }
});